مقایسه روش های ftir و تحلیل توالی ژن ۱۶s rdna در شناسایی و رده بندی باکتری های متیلوتروف

Authors

اسحاق زمانی

گیتی امتیازی

مجید بوذری

abstract

تحلیل توالی 16s rdna اگر چه روشی نسبتاً دقیق و قابل اعتماد برای شناسایی و تاکسونومی باکتری هاست اما فرآیندی وقت گیر و پُر هزینه است. به همین دلیل یافتن راه های جایگزین همواره مورد توجه پژوهشگران بوده است. یکی از روش های مطرح ftir (fourier transform infrared) است که روشی فیزیکو-شیمیایی است مبتنی بر اندازه گیری لرزش پیوندهای مولکولی یک ترکیب که به وسیله فرکانس مناسبی از پرتو مادون قرمز تحریک شده اند. در این پژوهش که به منظور بررسی کارآیی روش ftir در شناسایی وتاکسونومی باکتری ها و مقایسه آن با روش تحلیل توالی 16s rdna بر روی باکتری های متیلوتروف (مهم ترین گروه تجزیه کننده مشتقات کلردار متان) صورت گرفت، از ۳۰ باکتری جداسازی شده هفت باکتری انتخاب و ابتدا از طریق تکثیر قسمتی از ژن 16s rdna و توالی یابی آن شناسایی شدند و با نرم افزار mega5 درخت فیلوژنیک آنها ترسیم گردید. همچنین، با روش ftir طیف عبور این باکتری ها در محدوده cm-1۴0۰۰-۴۰۰ به دست آمد. داده های حاصل از این روش با نرم افزار spss تحلیل شد که دندروگرام حاصل از آن شباهت زیادی (بیش از 80 درصد) به دندروگرام به دست آمده از بررسی توالی 16s rdna داشت. نتایج نشان داد که ftir روشی خوبی برای تمایز باکتری ها از یکدیگر است اما هنوز نمی تواند به تنهایی برای تاکسونومی استفاده شود و اگر بانک اطلاعاتی مناسبی برای داده های ftir ارایه شود این روش می تواند به عنوان رقیبی برای تحلیل توالی 16s rdna مطرح گردد.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

مقایسه روش‌های FTIR و تحلیل توالی ژن 16S rDNA در شناسایی و رده‌بندی باکتری‌های متیلوتروف

تحلیل توالی 16S rDNA اگر چه روشی نسبتاً دقیق و قابل اعتماد برای شناسایی و تاکسونومی باکتری‌هاست اما فرآیندی وقت‌گیر و پُر هزینه است. به همین دلیل یافتن راه‌های جایگزین همواره مورد توجه پژوهشگران بوده است. یکی از روش‌های مطرح FTIR (Fourier Transform Infrared) است که روشی فیزیکو-شیمیایی است مبتنی بر اندازه‌گیری لرزش پیوندهای مولکولی یک ترکیب که به وسیله فرکانس مناسبی از پرتو مادون قرمز تحریک شده‌ان...

full text

شناسایی گونه های جدیدی از دی ازوتروف های اندوفیت همیار برنج و گندم با استفاده از آنالیز ژن ۱۶s rdna و ftir

در این مطالعه شش جدایه اندوفیت، شامل سه جدایه از ریشه سه رقم برنج (جدایه های pxr1، pxr2 و str1) و سه جدایه از ریشه سه رقم گندم (جدایه های pxw1، pxw2 و pxw3) جداسازی و با استفاده از آزمایش فنوتیپی، شامل طیف سنجی مادون قرمز تبدیل فوریه (ftir) و همچنین، آنالیز ژنوتیپی نظیر pcr ژن 16s rdna، تمام جدایه ها به غیر از جدایه str1 pseudoxanthomonas شناسایی شدند. مقایسه روش های یاد شده نشان داد که دو جدای...

full text

شناسایی مولکولی باکتری های با پتانسیل پروبیوتیکی جداسازی شده از محصولات لبنی سنتی آذربایجان بر اساس ژن ۱۶s rdna

هدف از این تحقیق شناسایی دقیق 22 ایزوله لاکتوباسیلوس جدا شده از محصولات لبنی سنتی منطقۀ آذربایجان است.  بدین­منظور، ژن 16s rrna با جفت آغازگر های عمومی طی واکنش زنجیره پلی­مراز (pcr) تکثیر شد.  قطعه ای به طول 1500 جفت باز مشابه با اندازه مورد انتظار تکثیر شد.  استفاده از 5 آنزیم برشی bsp143i، bsuri، taqi،  mspiوhindiii و مقایسه الگوی برشی حاصل از نرم­افزار genedoc، تنوع گونه ای در بین باکتری ها...

full text

مقایسه تأثیر وضعیت طاق باز و دمر بر وضعیت تنفسی نوزادان نارس مبتلا به سندرم دیسترس تنفسی حاد تحت درمان با پروتکل Insure

کچ ی هد پ ی ش مز ی هن ه و فد : ساسا د مردنس رد نامرد ي سفنت سرتس ي ظنت نادازون داح ي سکا لدابت م ي و نژ د ي سکا ي د هدوب نبرک تسا طسوت هک کبس اـه ي ناـمرد ي فلتخم ي هلمجزا لکتورپ INSURE ماجنا م ي دوش ا اذل . ي هعلاطم ن فدهاب اقم ي هس عضو ي ت اه ي ندب ي عضو رب رمد و زاب قاط ي سفنت ت ي هـب لاتـبم سراـن نادازون ردنس د م ي سفنت سرتس ي لکتورپ اب نامرد تحت داح INSURE ماجنا درگ ...

full text

گروه بندی سویه های مختلف باکتری اشرشیا کلی با استفاده از تعیین PCR و مقایسه آن با روش مولتی پلکس thrB توالی ژن

Background and purpose: The best-known groups of Escherichia coli are B2, B1, A, and D. Previous studies have clearly shown the difference between this group such as resistance to antibiotics, the growth rate, and pathogenicity. Therefore, identifying different groups of E. coli could be of great benefit in curing infections caused by this bacterium. There are some defects in traditional dia...

full text

My Resources

Save resource for easier access later


Journal title:
تاکسونومی و بیوسیستماتیک

جلد ۵، شماره ۱۷، صفحات ۸۳-۹۴

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023